當牙周病進入中重度階段，非手術治療如深層洗牙與刮除已無法徹底移除牙菌斑與牙結石，此時便需考慮進一步的外科處置。牙齦翻瓣術（Flap Surgery）是其中常見的一種，適用於牙齦袋深度大於5毫米者。此術式會局部麻醉後將牙齦切開並掀開，清除根面與牙周袋內的病變組織，讓視野更清楚、清潔更徹底，術後再縫合牙齦以促進癒合。
若病情導致齒槽骨結構遭到破壞，則可能需搭配骨整形成術來重建骨支撐。這類手術會修整不規則的骨形，或使用人工骨材料與再生膜輔助骨再生，適用於希望保留患齒且仍有骨再生潛力的患者。
這些手術並非適合所有人。重度吸菸者、糖尿病控制不良者或口腔衛生不佳者，手術風險與復發率較高。術後可能發生的副作用包括牙齦退縮、牙齒敏感與美觀影響，因此需由牙周專科醫師根據臨床與影像資料詳細評估，再與患者溝通療程計畫與風險預期。
牙齦出血經常被誤認為刷牙太用力，但當這種出血狀況變得頻繁，即使只是輕輕一碰就出血，很可能是牙周病的初期警訊。牙周病在初期主要影響牙齦組織，細菌感染造成發炎，使牙齦紅腫並變得脆弱，稍微刺激就容易流血。這時若只靠止血藥物或漱口水處理，而未針對牙菌斑進行清除，將導致病情逐步擴散。
另一個常被忽略的症狀是口臭。當牙菌斑與食物殘渣長期堆積於牙齦邊緣與齒縫之間，產生硫化物等異味物質，即使頻繁刷牙也難以根除。這種由牙周感染引起的口臭，往往與深層牙周囊袋有關，需要專業牙醫進行牙周刮治才能改善。
若病程持續惡化，支持牙齒的牙槽骨會被慢慢破壞，使牙齒產生明顯晃動感。患者可能在進食時感覺牙齒不穩，或早晨起床時發現牙齒排列異常，這都顯示牙周組織受損。此時即便無明顯疼痛，也應立即就醫，接受牙周檢查與X光拍攝，掌握病變程度並制定治療計畫，以避免牙齒不可逆的脫落風險。
牙周病在初期多數症狀並不明顯，但若不即時處理，將可能導致牙齒鬆動甚至脫落。針對早期牙周病，常見且有效的非手術治療之一為牙根整平。這是一種利用專業器械深入牙齦下方，刮除牙根表面的牙菌斑、牙結石與受污染的牙骨質，藉此降低牙周細菌的存留率，並創造牙齦再附著的條件。這項療程不需開刀，適合牙周囊袋深度在5毫米以下、尚未出現牙槽骨大幅流失的患者。
在某些病患體內細菌感染較為嚴重的情況下，抗生素療法可作為輔助手段。局部抗生素如多西環素凝膠，可直接注入牙周囊袋中，針對性抑制厭氧菌生長，減緩組織破壞。而系統性口服抗生素則多用於感染廣泛或伴隨系統性疾病的病人，例如糖尿病患者，經常需要配合抗菌藥物提升治療效果。這些非手術方式雖屬初階處置，卻在改善牙周健康、減少病情進展上扮演關鍵角色。透過定期檢查與適當療程，多數輕中度牙周病患者都能有效控制病況。
牙周病的形成與口腔中細菌堆積密切相關，而飲食習慣對牙菌斑的生成有直接影響。高糖分和高澱粉類食物容易成為牙菌斑的滋生溫床，促使牙齦發炎及牙周組織受損。缺乏維生素C、維生素D及鈣質的飲食會削弱牙齦修復能力，加重病情。治療期間，避免食用過硬、過黏或刺激性強的食物，如堅果、硬糖、辣椒和過熱飲品，能減少牙齦損傷與不適感。此外，黏性食物容易卡在牙縫中，不利口腔清潔，應盡量避免。牙周病患者在治療過程中，適合多攝取富含抗氧化物的蔬果、乳製品及富含蛋白質的食物，這些有助於牙齦組織修復及免疫力提升。生活規律同樣重要，規律睡眠能增強免疫系統，有助於控制炎症反應。戒菸戒酒則能明顯降低牙周病惡化的風險。每天早晚正確刷牙與使用牙線是維持口腔健康的基礎，搭配定期牙科檢查，有助於早期發現與控制牙周病。飲食與生活習慣的調整，對牙周病的治療效果與長期口腔健康具有不可忽視的作用。
牙周病的治療依照病況輕重分級，第一階段是進行基礎洗牙。洗牙的目的是清除牙齒表面的牙菌斑與牙結石，特別是在齦上與齦緣處，有助於減緩牙齦發炎與出血的情況。此階段主要適用於牙齦炎或初期牙周病患者，通常每半年一次即可維持穩定。
當牙齒與牙齦間出現明顯的牙周囊袋、流膿或牙齒動搖等情況，代表牙周組織已受損，則需進入第二階段的治療：深層牙周刮除。這一環節會在局部麻醉下進行，醫師會使用牙科刮刀深入牙齦底部，將牙根表面的菌斑與硬化結石徹底清除，並進行根面平整術，使牙齦可重新附著於牙根，抑制病情惡化。
這些治療階段之間會依患者的反應調整，醫師通常會在初次刮除後約4到6週進行牙周再評估。如果改善不明顯，可能會考慮手術處置。因此，牙周病治療並非一成不變，而是一種根據病情進展與口腔反應逐步調整的動態過程。
牙周病的治療根據病情進展，可依序採用洗牙、深層刮除與牙周手術等方式，每一階段治療對應不同的損害程度與目標。洗牙屬於最初步的治療方法，當牙齦出現紅腫或刷牙時出血，就代表牙菌斑與牙結石堆積在牙齒表面與牙齦邊緣。透過洗牙去除這些刺激源，可中斷炎症反應，讓牙齦恢復健康。
若未及時處理，細菌將侵入牙齦下方，造成牙周囊袋形成與牙周韌帶破壞，此時需進行深層刮除與牙根整平。治療重點在於清除牙根表面上的牙結石與細菌膜，並將牙根磨平，使牙齦能再度貼附，減少細菌再次侵入的空間。這一階段主要針對中度牙周病患者，改善牙齦持續腫脹或牙齒有鬆動感的問題。
當牙槽骨已出現吸收，或囊袋深度超過5毫米時，則須考慮牙周手術。翻瓣手術允許牙醫師揭開牙齦，直接清除深層病灶，有時會合併進行骨再生術或牙周整形手術，以恢復牙周結構。這些治療階段彼此接續，視病情進展而決定介入時機與方式，目的是維持牙齒穩定與口腔功能完整。
完成牙周病治療後，維持成果的關鍵在於日常的細緻照護與定期追蹤。每天的清潔工作應著重於牙齦緣處，選擇軟毛牙刷配合巴氏刷牙法，避免過度施力造成牙齦退縮。牙線每日使用不可省略，尤其針對牙齒接觸點與牙齒根部之間的區域，可進一步使用牙間刷以清除縫隙中的菌斑。
沖牙機對於牙周治療後患者是一項有效輔助工具，能溫和清潔牙周袋內的殘留物，減少細菌累積。使用含氯己定或具抗菌配方的漱口水，可依醫師指示定期使用，協助穩定牙齦狀況。睡前尤其重要，口腔在夜間乾燥時最容易孳生細菌，因此晚間清潔程序應特別徹底。
每三至六個月應回診接受牙周維護治療（PMT），由牙醫師評估牙齒鬆動度、牙周袋深度與牙菌斑控制狀況。即使沒有症狀，牙周病也可能悄悄復發，因此定期檢查與專業洗牙是維持牙齦健康的核心步驟。一旦出現牙齦出血、口臭或局部紅腫，應立即回診處理，避免演變為進一步的骨質流失。